《表1 三代测序技术的比较》

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《基于三代测序技术的微生物组学研究进展》

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真菌基因组大小在2.5–150 Mb之间，介于细菌和大型动植物之间，随着三代测序平台的改进和升级，测序通量的不断提升，三代测序技术在基因组研究中的应用也逐渐从细菌等小型基因组延伸到真菌等大型基因组中。Orpinomyces sp.strain C1A菌株是一种寄生在大型家畜肠胃中的厌氧真菌，基因组超过100 Mb，GC含量只有17%，是目前已知的GC含量最低的物种之一。Yousse等（2013）在对该菌株的基因组组装中发现，对比Illumina测序数据得到的组装结果，PacBio RS的测序数据组装得到的contigs更长、数量大幅降低，而且发现C1A菌株具有降解木质素的能力。此外Faino等（2015）基于PacBio RS II平台对黄萎病菌菌株JR2和VdLs17测序并组装，最终都得到了8条完整的染色体。2017年荷兰研究者Jansen等分离出了DDNA#1酵母菌株DNA，使用Illumina和Nanopore MinION分别进行测序，通过Illumina测序数据组装得到了14，764 contigs，而使用Nanopore测序数据组装得到的contigs仅61条，大幅度提高了酵母菌基因组数据的质量和完整度（Liem et al，2017）。