《表2 第二代、第三代宏基因组测序技术特点》

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《宏基因组学在微生物抗生素抗性基因检测中的应用》


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对宏基因组的测序分析,目前主要有Sanger/鸟枪法和高通量测序技术(High-throughput sequencing)。高通量测序技术又称第二代测序技术,目前主要代表平台有Roche 454焦磷酸测序(Pyrosequencing)、Illumina Solexa合成测序、ABI SOLiD连接法测序等[30]。利用这些平台对动物体内(例如淡水鱼类)及养殖水环境[39]、废水以及废水接收河水[40],甚至是人体(例如人类肠道)[1]中存在的ARGs进行测序,探索ARGs在环境中的传播机制以及对人类健康的潜在影响。随着人们对高通量测序的进一步研究,被称为第三代测序技术的Helicos单分子测序、Pacific Bioscience的SMRT(Single molecule real-time)技术和Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔单分子测序技术正向着高通量、低成本、更长的读取长度发展[31]。测序技术的快速进步推动了宏基因组学的发展,本文对第二代以及第三代测序技术的特点进行比较(表2)[32,42-43]。