《表1 典型高通量测序平台特性比较》

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《高通量测序技术在环境微生物领域的应用与进展》

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2008年第三代测序技术浮出了水面，如Helicos biosciences的t SMSTM技术和Oxford Nanopore Technologies公司正在研究的纳米孔单分子测序技术[14]。第三代与第二代测序技术的特性比较如表1所示。总体而言，由于第三代测序技术采用单分子测序，具有更快的数据读取速度，读长普遍增加，运行时间大大缩短，且测序过程无需进行PCR扩增[15]。Pac Bio（SMRT）最长读长可达到4 500 bp，比读长最长的Roche 454平台增长了3 700 bp，其最短运行时间为0.5 h，比耗时短的Ion PGM减少了2.5 h。且Pac Bio（SMRT）也运用了边合成边测序的思想[16]，模板与DNA聚合酶结合，4种碱基（即是d NTP）用4色荧光来标记，在碱基配对阶段，加入不同的碱基，会发出不同的光，根据光的波长和峰值来确定碱基类型。而表中Oxford Nanopore是利用电信号和一种具有共价分子接头的特殊纳米孔来测序[16]，DNA碱基通过纳米孔时，会使电荷发生变化，从而短暂地影响流过纳米孔的电流强度，电子设备通过检测这些变化来鉴定所通过的碱基。可见，第三代测序技术比第二代测序技术在测序原理上也有较大的提升。但由于第三代测序技术还不成熟，国内外测序公司运用较少，华大基因等国内主要测序公司均以Illumina的Hi Seq和Mi Seq测序仪为主要测序平台。