《表3 测序数据与参考基因组比对情况a)》

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《苹果苦痘病对果实类黄酮总含量的影响及其分子生物学机制》

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a) Total reads:用于比对的总reads数；Total mapped:各样本中，能比对上的reads数及比例；Multiple mapped:比对上的reads中，存在多个比对位置的reads；Uniquely mapped:比对上的reads中，只能比对到唯一一个位置的reads

经RNA文库构建和测序，从健康果实和苦痘病果2组样品中分别获得257.002和225.713 M raw reads，包含38.55和33.857 Gb raw bases，经净化和质量过滤，获得226.702和202.951 M Clean reads，包含32.807和29.626Gb Clean bases，其碱基百分比Q20和Q30分别大于98.3%和95.0%（表2）；同时，样品间测序数据聚类结果良好（图3），说明RNA-Seq测序数据质量较高，可用于后续分析.测序数据与参考基因组的mapping率为63.32%～72.27%（Total Mapped为63.32%～69.91%，Uniquely Mapped为65.65%～72.27%）（表3） ，均低于70%，但无显著差异，说明本研究所用试材“烟富2号”与数据库中选用的参考基因组Malus domestica Borkh的亲缘关系较远.miRNA文库构建与测序结果显示，总共获得4331Clean reads，与3753个靶标基因相关联，这些靶标基因中，2571个基因上调，1181个基因下调.序列分析和注释结果显示，总共获得41894个RNA，已知RNA和新RNA分别为15852个和26042个（表4）.