《表2 杨梅10个品种重测序及参考基因组比对统计》

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《‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析》

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Q20、Q30分别表示质量值≥20和≥30的碱基所占百分比；GC表示碱基对。

将获得的高质量序列重新定位到参考基因组上，以开展后续变异分析。通过与参考基因组比对，各品种的基因覆盖度均在90%以上，测序深度≥9×（表2）。这说明各个品种的基因组被均匀覆盖，测序随机性较好，获得的SNP代表性强。极个别深度不均的地方可能是由重复序列和PCR偏好性引起的。通过以上分析可知，各品种（材料）均符合后续遗传变异分析。