《表2 测序数据与参考基因组的序列比对》

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《木薯叶芽和花芽的转录组差异分析》

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比对效率能直接体现转录组数据的利用率。比对效率主要与数据测序质量、参考基因组组装优劣、样品与参考基因组的亲缘关系有关。所选参考基因组组装能否达到信息分析的要求主要也是通过比对效率来评判。本研究显示，木薯叶芽和花芽中能比对到参考基因组上的有效序列数分别为34 896 356条和35 638 207条、比对率均在78.00%以上（表2）。单端比对率在77%以上，多位置比对率小于1%，正、负链比对率在39%左右，说明测序数据质量较佳，试验污染少。从比对序列的分布看，91.5%以上的序列定位区域在外显子，8.5%以下的序列比对到内含子和基因间区，比对到内含子是由于mRNA前体和发生可变剪切的内含子保留，比对到基因间区是因为基因组注释不完善。