《表4 现有细菌三维基因组研究中所使用的3C方法》

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《细菌三维基因组学研究》

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现阶段共有5种细菌的三维基因组得到初步探索，这5种细菌分别是新月柄杆菌、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、霍乱弧菌以及肺炎支原体，相关研究采用的3C技术及基因组交互矩阵的分辨率见表4.这5种生物都是独具特色的代表物种:大肠杆菌和枯草芽孢杆菌分别是革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的典型代表；新月柄杆菌可以分化为柄细胞和游动细胞，且游动细胞里只有一套未复制的染色体，是天然同步化的研究材料[21，22]；霍乱弧菌携带有两个环状染色体，适用于探究细胞周期中多个染色体是如何协调复制的[28]；支原体则是人类能培养的最小细胞之一，它具有高度精简的基因组，并且内部的拟核相关蛋白（NAP）和Sigma因子也远少于大肠杆菌等常见细菌[29].此外，这些细菌中染色体排布并不相同.枯草芽孢杆菌和新月柄杆菌中，染色体在细胞中纵向排列，且两条染色臂沿细胞长轴对齐，染色体复制终止区域（t e r）在细胞的中间位置[21，22，25～27，29]；而在大肠杆菌中，染色体横向排布，两条染色臂分别位于拟核的一侧，且染色体复制起始区域（ori）在两者之间[23].这也说明了不同细菌染色体的空间结构在细胞周期中有其特有的组织方式和动态规律.