《表4 PPI网络图中中枢基因连接度的统计结果》

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《基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选》

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PPI网络分析有利于从系统的角度发现与疾病相关的重要基因及其之间的相互联系。使用STRING在线数据库和Cytoscape软件，200个DEG中共有120个（38个上调基因和82个下调基因）被过滤到PPI网络复合体中，包含120个节点和526个边缘（图3A）。在PPI网络中有些中心节点基因由于与多种基因之间具有相互作用，并且处于PPI网络中的关键位置，而被称为“中枢基因”，被认为是疾病发生发展的潜在驱动因素[7]，为了找出导致HCC发生的关键基因，利用CytoHubba插件计算了所有DEG的度值。如表4所示，在120个基因中有34个基因为中枢基因（筛选标准为度值>10），其中上调基因较多（27/34），而下调基因较少（7/34）。此外，根据重要程度，利用Cytoscape中的MCODE插件筛选出了一个由24个节点和272个边缘组成的显著模块（图3B，同时也是图3A中黄色区域），该模块均为上调基因且度值较高（21～30），颜色越深则度值越高。