《表4 PPI网络中hub基因》

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《纳米/非纳米种植体表面早期附着细胞的基因表达谱分析》

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通过STRING10数据库下载蛋白质相互作用的数据，将有相互作用关系的DEGs去除孤立点后构建互作网络，并利用Cytoscape3.6.0将其可视化（图1）。在该网络中，每个圆点表示一个差异表达基因编码的蛋白节点，两节点之间连线表示两蛋白间具有相互作用关系。节点的大小表示互作关系的强度，节点越大，表示该基因越重要。PPI网络具体参数，见表3。再利用Cytoscape3.6.0中的cytohubba插件，运用MCC和Radiality两种中心算法，筛选出该背景网络中的网络关键节点基因。结果显示:IL-8、CX-CR1、CXCR2、CCL20、CXC亚族趋化因子3（C-X-C motif chemokine3，CXCL3）、羟基羧酸受体3（hydroxycarboxylic acid receptor 3，HCAR3）、味觉2受体成员40（taste 2 receptor member 40，TAS2R40）、血管内皮生长因子A（vascular endothelial growth factor-A，VEGFA）、IL-1α、核因子kappa B亚单位1（nuclear factor kappa B subunit1，NFKB1A）基因编码的蛋白为蛋白网络的hub节点（表4）。