《表4 PPI网络中连通度位列前十的Hub基因》

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《食管鳞状细胞癌相关miRNA的生物信息学分析》

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将筛选获得的6个DE-miRNAs的靶基因输入STRING网站，构建PPI网络。进一步应用Cytoscape软件分析靶基因之间的连通度，并筛选出前十名，为Hub基因（表4）。上调DE-miRNAs的hub基因为MAPK1、MYC、AKT1、HSP90AA1、POLR2D、CCND1、SMAD4、HIST1H2BB、HIST1H2BD、CDKN1B。下调DE-miR-NAs的hub基因为MAPK1、EGFR、CDC42、POLR2K、PIK3CA、KRAS、POLR2I、HIST2H2AC、FN1、VEGFA。在这些基因中，MAPK1节点度最高。结果表明，MAPK1可能是食管鳞状细胞癌的关键靶点。随后，利用Cytoscape软件构建miRNA-Hub gene网络，如图5所示。从图5a中我们发现，hsa-miR-196a-5p可能调控10个hub基因中的7个（MAPK1、MYC、POLR2D、CCND1、HIST1H2BB、HIST1H2BD、CDKN1B）。6个hub基因和5个hub基因可能分别被hsa-miR-196b-5p和hsa-miR-34c-5p调控。此外，hsa-miR-1可能调控10个hub基因中的9个（EGFR、CDC42、POLR2K、PIK3CA、KRAS、POLR2I、HIST2H2AC、FN1、VEGFA）。其中4个hub基因和1个hub基因可能被hsa-miR-133a和hsa-miR-4770调控（图5b）。这些数据支持hsa-miR-196a-5p和hsa-miR-1可能是食管鳞状细胞癌的两个潜在调控因子。