《表2 EU-GD-HD毒株与6株欧洲型参考毒株全长基因组的多重比对》

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《2017年广东省首株欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及其全基因组特征分析》

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利用MegAlign软件将11条相互重叠的基因片段拼接成PRRSV全长基因组序列，结果显示，EU-GD-HD毒株的基因组全长为14 869个核苷酸（nt），除poly（A）尾，5′UTR长221 nt，3′UTR长114 nt。选择GenBank数据库中6株欧洲型毒株作为参考毒株（表2），全长核苷酸序列比对结果显示，EU-GD-HD毒株与基因Ⅰ型代表株LV的核苷酸序列同源性为85.3%，与福建FJQEU14毒株的核苷酸序列同源性最高，为94.3%。对基因组的开放阅读框（ORF）的核苷酸和氨基酸序列作比对，结果显示，该毒株的ORF1a和ORF1b所编码的非结构蛋白（Nsp）与2014年福建省分离的FJQEU14毒株的核苷酸序列的同源性为91.5%~95.8%，氨基酸序列同源性为88.8%~100%。ORF2a~ORF7占整个基因组的1/4，编码组成病毒粒子的结构蛋白，该区域核苷酸序列比对结果表明，该毒株与FJQEU14毒株的核苷酸序列同源性为94.3%~96.7%，氨基酸序列同源性为92.6%~98.6%，其中GP5的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为94.4%和92.6%；与来自欧洲的代表性毒株的GP5基因（包括Lena、LV和MLV-DV）具有较低的核苷酸和氨基酸序列同源性（分别为78.1%~82.8%和74.8%~82.7%）（表2） 。