《表2 手动抽提和自动抽提基因组浓度和质量》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《实时荧光定量PCR在污水处理活性污泥中的应用》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

实时荧光定量PCR技术应用在环境污水处理领域主要是绝对定量，实验流程包括:基因组的抽提、纯化、引物的设计合成、标准品制备、标准曲线制备和样品上机分析等，从各个流程根据环境活性污泥样品的特点和研究的目标现提供以下几点应用建议:（1）根据表1所示，对比国产试剂盒（天根生化科技有限公司的土壤基因组DNA提取试剂盒、DP336）和进口试剂盒（美国MP公司的Fast DNA Spin kit for soil、MP-116560）的OD260/230、OD260/280、基因组浓度的平均值可知，进口的试剂盒三者平均值皆高于国产试剂盒，说明进口试剂盒抽提的基因组浓度和质量较高，进口试剂盒成本虽略高于国产试剂盒，在条件允许的前提下，抽提基因组最好选择进口的试剂盒，以便满足后续的qPCR实验对基因组质量和浓度的要求。（2）表2中显示了来源于城市污水处理厂氧化沟工艺浓缩池的活性污泥，使用手动抽提和自动抽提的方法测得最后的OD260230、OD260/280、基因组浓度等数值，对比可以发现自动抽提的OD260/230、OD260/280平均值都高于手动抽提的结果，说明自动抽提的基因组质量较好；基因组浓度低于手动抽提，这与实验前所用的污泥量较少和自动体系抽提纯化过程较严格损耗稍多有关，但是自动抽提的基因组浓度能够满足qPCR分析；与此同时，自动抽提基因组只需实验人员将样品研磨充分后连同试剂盒一起装机，选定好程序，历时超过50 min，即可拿出抽提好的基因组，无需经过纯化步骤，抽提的浓度和质量可应用于qPCR实验；比手动抽提耗时短、门槛要求低，对环境领域的工科学生具有较普遍的适用性。在未来环境实验室设备配置方面，可考虑自动化的基因组抽提仪器，如德国耶拿InnuPure C16仪器。（3）qPCR对基因组质量的要求较高，除了OD260/280、OD260230数值方面的评估，实验前可设计特异性的引物，进行普通的PCR，结合琼脂糖凝胶电泳图条带是否明亮单一，优化实验条件体系，找到qPCR较好的退火温度和延伸时间，降低qPCR预实验的成本，提高结果的准确性。（4）标准品的制备方法常规的有两种:质粒标准品[23]和基因组纯化产物标准品[24]，质粒标准品比较稳定、制备复杂，基因组纯化产物标准品制备简单、适用性有限，常见典型菌种的qPCR分析可使用基因组纯化产物作为标准品，比如AOB、NOB、总细菌等。