《表5 基因组比较分析工具以及进化树构建软件特点》

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《全基因组测序与生物信息学分析在细菌耐药性研究中的应用》

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进化树的文件最常用的是NEXUS和Newick格式，许多图形用户界面（GUI，Graphical User Interface）的软件比如FigTree（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/）、MEGA[89]、Archaeopteryx[90]以及网页类型的工具iTOL[91]等均可对进化树进行可视化的分析。相关基因组比对软件以及进化树构建软件见表5。