《表3 定位区间内的编码基因及其推测功能》

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《水稻窄叶突变体zy103突变基因鉴定》


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利用水稻基因组注释网站(http://rice.plantbiology.msu.edu)对突变基因zy103所在195.4 kb区间序列进行候选基因分析,共预测了此染色体区间内28个编码基因(表3)。Os CSLD4在植株生长过程中对叶的形态发生和营养发育起重要作用[17,28]。根据LOC_Os12g36890.1的基因组序列设计测序引物(表2),对野生型亲本豫粳6号、9311及突变体zy103中的LOC_Os12g36890.1的基因组序列进行扩增并测序。测序结果表明,在突变体中LOC_Os12g36890.1基因的编码区第2外显子处(3 472~3 479)有8个核苷酸(TGTGCCAC)缺失。针对此缺失区域设计了一对缺失多态引物zy-OsCSLD(正向:5'-GAGTTCCCGCAGTGGAGCAA-3';反向:5'-GATCATGG AGATGAGGCCCG-3'),利用这对引物对zy103/9311 F2群体的400个单株进行基因型分析,结果表明,所有窄叶突变表型单株的带型一致,均为142 bp,而正常表型单株带型有2种,即9311带型150 bp和杂合2种带型150/142 bp(图5)。蛋白同源比较分析发现水稻中存在5个CSLD蛋白家族成员(Os CSLD1~Os CSLD5),这些蛋白均包含8个保守的跨膜结构域和一个D_D_QxxRW蛋白模体结构,而突变体zy103因Os CSLD4基因中8个核苷酸缺失导致编码蛋白在第1 158氨基酸处发生了移码突变,该突变导致编码蛋白第Ⅶ、第Ⅷ跨膜结构域缺失,推测此突变因影响了Os CSLD4蛋白功能从而引发了突变体zy103表型变异。因此,LOC_Os12g36890.1可能是zy103的候选基因。