《表1 常用ATAC-seq数据分析工具比较》

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《染色质转座酶可及性测序研究与数据分析》

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Nuc Tools、DANPOS2、Puffin和INPS等用于MNase-seq分析的工具也能应用于ATAC-seq的核小体定位检测，不过需要先对核小体片段进行筛选[7，29]。Nucleo ATAC、ATAC-pipe及HMMRATAC等都是专门为ATAC-seq设计的分析工具[16，19，30]。除Nucleo ATAC仅能用于核小体定位和质量控制，其他两个工具还能进行其他高级分析操作，但是这些工具都未能很好地克服开发染色质区域以外读数覆盖率低的缺点[9]。表1中对ATAC-seq常见分析软件的分析功能、优势与不足进行了总结归纳。