《表1 边坡计算参数取值:蜜蜂球囊菌中长链非编码RNA的调控作用》

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《蜜蜂球囊菌中长链非编码RNA的调控作用》


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根据1.6中靶向预测的结果,随机选取9个调控网络中的lnc RNA(MSTRG.6443.1、MSTRG.2135.1、MSTRG.2134.1、MSTRG.3422.1、MSTRG.2302.1、MSTRG.5023.1、MSTRG.5584.1、MSTRG.1870.1和MSTRG.1614.1)和8个靶m RNA(gene2674、gene4126、gene4125、gene1602、gene5384、gene1986、gene989、和gene1970)进行RT-PCR验证。根据上述lnc RNA和m RNA的核酸序列,利用Primer Primer 5.0软件设计相应的特异性引物,委托上海生工生物工程有限公司合成引物(表1)。选取actin(gene6001)作为lnc RNA和m RNA的内参基因(阳性对照)。将9对lnc RNA(或8对m RNA)特异性上游引物(1μL/种)和下游引物(1μL/种)混合,以无菌水为模板进行RT-PCR,作为阴性对照。利用RNA抽提试剂盒(Ta Ka Ra公司,日本)分别提取球囊菌菌丝的总RNA和孢子的总RNA,将1μg菌丝RNA与1μg孢子RNA等量混合,作为模板进行反转录,得到的c DNA作为模板进行PCR。PCR反应体系(20μL):c DNA模板1μL,上游引物1μL,下游引物1μL,Mixture 10μL,无菌水7μL。PCR程序:95℃预变性5 min;95℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸30 s,共34个循环;72℃再延伸5 min。PCR产物经1.5%琼脂糖凝胶电泳和凝胶成像仪(上海培清,中国)检测。