《表1 拟南芥、桃、玉米与水稻Igt基因登录号》
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《马铃薯StIgt基因家族的鉴定及其对干旱胁迫的响应分析》
利用生物信息学方法通过双向BLAST分析,从马铃薯‘DM-v4.03’全基因组中共筛选到了21个St Igt备选序列,通过局部BLASTP并删除重复序列后,保留15个序列,提交CDD、Pfam确认蛋白结构域。再将这15条序列与已在拟南芥、李属植物、水稻、玉米等其他作物中报道的Igt基因序列进行同源比对(表1),最后在马铃薯中共确定了10个St Igt家族成员(表2)。由表2可知,马铃薯中St Igt家族蛋白长度范围从110 (St Igt10)到283个氨基酸(St Igt1)不等,分子量介于13.136 k D (St Igt10)和32.542k D (St Igt1)之间,预测等电点为3.82 (St Igt4)~9.86(St Igt10)。大多数St Igt蛋白(90%)的等电点小于7.0,推测其可能是一类酸性蛋白。为进一步了解St Igt基因家族成员之间的同源关系,本研究利用拟南芥、辣椒、水稻和玉米中已研究的Igt基因共同构建了Igts的系统进化树,聚类为3个亚族:Lazy1 (I)、Tac1 (II)和Dro1 (III),分别含有4、4、2个St Igt基因(图1)。
图表编号 | XD00212516600 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2021.04.12 |
作者 | 秦天元、刘玉汇、孙超、毕真真、李安一、许德蓉、王一好、张俊莲、白江平 |
绘制单位 | 甘肃省干旱生境作物学重点实验室、甘肃省作物遗传改良与栽培种创新重点实验室、甘肃农业大学农学院、甘肃省干旱生境作物学重点实验室、甘肃省作物遗传改良与栽培种创新重点实验室、甘肃农业大学农学院、甘肃省干旱生境作物学重点实验室、甘肃省作物遗传改良与栽培种创新重点实验室、甘肃农业大学农学院、甘肃省干旱生境作物学重点实验室、甘肃省作物遗传改良与栽培种创新重点实验室、甘肃农业大学农学院、兰州大学草地农业科技学院、草地农业生态系统国家重点实验室、甘肃省干旱生境作物学重点实验室、甘肃省作物遗传改良与栽培种创新重点实验室、甘 |
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