《表1 10种脊椎动物phds基因登录号》
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《多鳞鱚phds基因家族序列特征及其在低氧胁迫后表达变化》
从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中检索尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、月光鱼(Xiphophorus maculates)、青鳉(Oryzias latipes)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、斑马鱼(Danio rerio)、鸡(Gallus gallus)、热带爪蟾(Xenopus tropicalis)、小鼠(Mus musculus)和人类(Homo sapiens)等10个脊椎动物phds基因序列(表1)。基于大黄鱼、罗非鱼和斑马鱼phds核苷酸序列,在多鳞鱚转录组数据(登录号:SRR9673344?SRR9673355)中检索phds基因,E值为10-5。再将多鳞鱚phds氨基酸序列基于TBLASTN在多鳞鱚基因组数据(数据未公布,基因组大小521.63 Mb,Contig N50 13.54 Mb,Scaffold N50 21.46 Mb,预测到23 959个基因)中检索phds基因,E值为10-5。两次比对结果中均有完整开放阅读框的基因认定为多鳞鱚phds基因家族成员。
图表编号 | XD00206170900 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.11.01 |
作者 | 林星桦、叶明慧、SEATAN Wanida、潘炎杨、陈芳圆、黄洋、朱春华、李广丽、田昌绪 |
绘制单位 | 广东海洋大学水产学院、、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心、、南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)、广东海洋大学水产学院、、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心、、南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)、广东海洋大学水产学院、、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心、、南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)、广东海洋大学水产学院、、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心、、南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)、广东海洋大学水产学院、、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育 |
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