《表3 玉米杂交种纯度鉴定SNP核心引物信息表》

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《玉米杂交种纯度鉴定SNP核心引物的确定及高通量检测方案的建立》

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基于玉米384个SNP基础位点，根据位点双亲互补区分能力、试验分型效果、染色体均匀分布等条件筛选确定1套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心引物组合。具体筛选过程为:（1）确定候选位点组合:基于335份国审品种基础位点的指纹数据计算位点双亲互补率、多态性等参数，基础位点双亲互补率介于24.2%～65.6%之间，MAF值介于0.32～0.50之间，PIC值介于0.34～0.38之间。候选位点的筛选条件为位点双亲互补率高于40%，MAF≥0.33，PIC≥0.35，从而优选60个候选位点。（2） KASP引物评估:将候选位点设计合成KASP引物，使用12组玉米杂交种及其亲本三联体材料进行测试。其中57个引物都能分成紧密的三群，分型结果与预期结果一致，符合孟德尔遗传定律，并且试验重复结果一致（图1-A）；3个引物不能正常分型或与预期结果不一致或扩增失败（图1-C，F），从芯片位点转化为KASP引物的成功率为95%。（3）快速DNA提取法评估:为缩短DNA制备时间，提高纯度鉴定效率，进一步使用快提法对CTAB法分型表现好的位点进行测试，选择CTAB法和快提法均能清晰的分成3个紧密的分型，且与预期分型结果一致的位点（图1-D），共有48个位点进入下一步的位点筛选；9个引物使用CTAB法能够正常分型，但使用快提法无法正常分型（图1-B，E），不再进行纯度核心引物筛选。（4）确定纯度鉴定核心引物:综合位点区分能力及染色体均匀分布等，筛选出20个KASP引物作为纯度鉴定核心引物（表3）。