《表1 差异基因列表：iRhom2~(Uncv)小鼠乳腺发育障碍的转录组分析》

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《iRhom2~(Uncv)小鼠乳腺发育障碍的转录组分析》

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注:FPKM为每百万片段中来自某一基因/转录本每千碱基长度的片段数目，衡量基因表达水平的高低；log2（Fold Change）为两组样本的差异倍数，以log2（iRhom2Uncv/WT）来表示

计算FPKM的大小衡量基因表达水平的高低，用Cuffdiff软件分析差异表达情况，以表达差异倍数[log2（Fold Change）]>1，P<0.05作为筛选条件。iRhom2Uncv小鼠和野生型小鼠乳腺组织共得到725个差异表达的基因，476个基因表达下调，249个基因表达上调。以多重假设检验校正后的P值（padj）小于0.05[即-log10（padj）>1.3]作为差异显著性标准，得到18个显著性表达差异的基因，其中6个在iRhom2Uncv小鼠中表达显著上调（P<0.05），12个在iRhom2Uncv小鼠中表达显著下调（P<0.05）（图2）。Prl3b1、Prl2b1、Prl8a9基因属于催乳素家族，这3个基因在iRhom2Uncv小鼠中不表达，log2（Fold Change）分别为-12.02716、-11.47758和-10.35361（表1）。Mfsd2a和Zfp281基因在iRhom2Uncv小鼠中表达量显著下调（P<0.05），此外还有6个基因在iRhom2Uncv小鼠中也不表达。在表达上调的基因中，5个基因在野生型小鼠中不表达，而在iRhom2Uncv小鼠中表达量增加，且Mouse ENCODE transcriptome data显示Olfr365在睾丸中的FPKM为0.21，在其他组织中不表达。