《表2 基因注释成功率统计》

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《黄麻(Corchorus capsularis L.)干旱胁迫转录组初步分析》

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为了更好地分析转录组序列所涉及的基因功能信息，需要对拼接得到的23 297条基因进行注释。共使用7个公共数据库，对这些基因中进行了不同程度的注释（表2）。在Nr数据库注释结果中，有84.9%的序列与目标序列相似度超过80%（图2A），且77.8%的序列比对结果e值小于10～60 （图2B）。在这些序列注释结果中，大部分（74.5%）目标序列均来源于黄麻属（图2C），说明本次转录组测序结果较好，整体注释信息可靠。在GO注释中，注释结果被分为三大类，分别是生物进程（biological process，BP）、细胞组件（cellular component，CC）和分子功能（molecular function，MF）。所有基因的GO注释结果均体现在这三种类别中。在BP中，被注释最多的三个类别是细胞过程（Cellular process）、代谢过程（Metabolic process）和信号-器官过程（Signal-organism process）；在CC中，富集最多基因的三个类别是细胞（Cell）、细胞组分（Cell part）和细胞器（Organelle）；在MF中，结合（Binding）和催化活性（Catalytic activity）囊括了该转录组基因的大部分分子功能（图3）。在KOG数据库分类中，共有5 904条基因被注释到25个KOG类别中，其中被注释基因最多的三个类别是O：翻译后修饰：蛋白开关和分子伴侣（721条基因）、R：总体功能预测（720条基因）和J：翻译：核糖体结构与生物发生（476条基因，图4）。从代谢角度分析这些基因，发现被注释信息最多的三个条目依次是“遗传信息处理”大类中的“翻译”、“代谢”大类中的“碳水化合物代谢”和“遗传信息处理”中的“折叠，排列和降解”（图5）。最后，为了更详细地了解本次转录组测序所得到的信息，对所得到的基因中可能编码的转录因子进行了预测。共有386条基因被注释到46个转录因子家族（图6），其中基因数目最多的转录因子家族是b HLH家族（32条基因）、C2H2家族（23条基因）和b ZIP及WRKY家族（各22条基因）。最后，对转录组测序结果中SSR信息进行分析表明，整体SSR重复序列分布趋势（图7A）与转录因子编码基因序列中的趋势（图7B）呈现相似分布。