《表2 在CASSCF(6e,5o)/6-31G,CASSCF(10e,8o)/6-31G*和CASSCF(14e,12o)/6-31G*计算水平下优化得到的4个锥形交叉点的主要构型参数(键长单位为1

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《关于绿色荧光蛋白发色团激发态动力学行为的实验设计与实践》

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[a]6-31G基组；[b]6-31G*基组

非绝热动力学部分采用的是自主开发的基于Zhu等[20]电子跃迁理论的动力学程序，具体的计算细节需要学生在实验预习阶段掌握。轨线的核运动方程采用Velocity-Verlet[21]算法进行数值积分，步长设为0.5 fs。由于在锥形交叉点处构型变化信息更加重要，因此将步长减少至0.1 fs。每一步对应的电子态能量，梯度以及电子态耦合系数都是通过调用外接的Molpro（http://www.molpronet）程序包进行。在运行动力学模拟之前，需要选取合适的初始坐标和速度。初始坐标和速度的选择方法有很多种，如基态的动力学模拟、玻尔兹曼分布、Winger分布、高斯分布等。先选择基于DFTB+的基态动力学模拟方法，在室温下计算500ps，在分子达到平衡后，再在动力学结果中随机地选取构型和速度作为初始条件。计算的轨线数量由学生自主决定，一般数量越多，统计意义越明显。但一般认为计算结果达到收敛即可，经过计算30条轨线可满足要求。