《表2 二核苷酸和三核苷酸EST-SSRs不同重复基元分布比例》
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《泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析》
利用MISA软件对Unigenes的cDNA序列数据中筛选1 kb以上的Unigenes进行SSR分析,共筛选到16324个SSR符合设置条件(表1),泥东风螺转录组中SSR种类丰富,共有181种重复类型;各种类型的出现频率差异较大,主要集中在单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别占SSR总数量的40.17%、29.75%和15.27%,四核苷酸重复和五核苷酸重复数量少,分别占0.76%和0.04%,未发现多于5个核苷酸重复。SSR在整个泥东风螺转录组中的出现频率和发生频率分别为13.62%和6.86%,平均每350.78 kb出现1个SSR。各种重复基元出现频率差异大(表2),如:AC/GT重复基元占二核苷酸重复的70.58%,AGG/CCT和ACC/GGT重复基元分别占三核苷酸重复的22.60%和20.50%。从整体分布分析中发现多核苷酸重复序列以重复6次出现频率占优势。长度为12~20 bp的SSR占63.95%,长度为21~25 bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4 bp。
图表编号 | XD00161747200 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.08.01 |
作者 | 熊钢、王晓清、王佩、陈贞年、周先文、康骊、曾志南 |
绘制单位 | 湖南生物机电职业技术学院动物科技系、湖南农业大学动物科技学院、湖南农业大学动物科技学院、湖南农业大学动物科技学院、湖南农业大学动物科技学院、湖南农业大学动物科技学院、湘西州水产工作站、湖南生物机电职业技术学院动物科技系、福建省水产研究所 |
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