《表2 EST-SSR重复基序的分布特征》

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《基于转录组测序的陈山红心杉EST-SSR开发及应用》

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对76 597个unigene进行SSR位点搜索，共检测到8 072个SSR位点，分布频率（与总非重复序列数量之比）为10.54%，平均密度为12.88 kb。SSR重复类型丰富，各重复类型所占比例变化较大（表2）。其中单核苷酸型位点最多，有5 352个，占总数的66.30%，其次为三核苷酸类型，为1 411个，占总数的17.48%，五核苷酸、六核苷酸类型数量最少。2～6核苷酸重复类型和复合型的平均密度为38.30 kb，平均长度分别为13.73、16.29、20.56、25.00、32.84和62.97 bp。2 720个EST-SSR位点中共包含250种重复基序，复合型和四核苷酸类型重复基序种类最多，分别为159和32个。AT/TA重复基序出现频率最高（548次），占总EST-SSR位点数的6.79%，其次是AG/TC(156次），占总EST-SSR位点数的1.93%。AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列，分别占总位点数的1.45%和1.44%。