《表3 水稻YABBY家族的直系同源基因》

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《水稻YABBY家族的全基因组鉴定与表达分析》

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共线性结果表明，水稻YABBY家族成员中有4对直系同源基因：Os YABBY3-OsYABBY5、OsYAB-BY4-OsYABBY5、OsYABBY2-OsYABBY6、OsYABBY2-OsYABBY1（图3A）。YABBY家族在水稻中有4个片段复制事件发生，但没有串联复制事件发生，这表明水稻基因组至少经历过二次全基因组复制。水稻和二穗短柄草的共线性关系明显优于水稻和拟南芥之间的共线性分关系，水稻和拟南芥之间存在5对直系同源基因对，其中OsYABBY4与AT2G45190.1，AT4G00180.1为同源基因，其他基因均只涉及一对直系同源基因（图3C）。水稻和二穗短柄草之间存在14对同源基因，除了OsYABBY没有直系同源基因外，其他成员均存在2个以上的直系同源基因。OsYABBY、OsYABBY4只和拟南芥中的YABBY基因存在直系同源关系，其他成员（除OsYABBY）只和二穗短柄草的YABBY基因属于直系同源基因。这些结果表明，水稻和二穗短柄草具有更近的进化关系，YABBY家族的分化可能早于单双子叶植物的分化。在随后的进化过程中，二穗短柄草的YABBY家族丢失较多，水稻则保留了更多，这可能是由于水稻基因组远远大于二穗短柄草基因组的缘故。所有直系同源基因的Ka/Ks都远远小于1，表明YABBY家族在进化过程中主要受到纯化选择（表3）。