《表2 直系同源基因对的Ka/Ks》

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《棉花CLE多肽家族的全基因组鉴定与生物信息学分析》

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注:NA表示分母为零，无法计算。

利用InParanoid软件在4个棉种中共检测到112对直系同源基因对（图5），此外，我们还在陆地棉和海岛棉中分别检测到4对和2对旁系同源基因（GhCLE38/GhCLE12，GhCLE13/GhCLE39，GhCLE16/GhCLE42，GhCLE19/GhCLE-18；GbCLE12/Gb CLE38，GbCLE5/GbCLE32）（表2） 。我们利用KaKs＿Calculator对这些同源基因对进行Ka/Ks分析，结果显示约35%的直系同源基因的Ka/Ks值小于0.5，这表明这些基因经历了较强的负选择作用，暗示这些复制基因在进化中较为保守，结构比较稳定，功能具有一致性；13对直系同源基因的Ka/Ks值在0.5～1之间（表2）。另外，有11对直系同源基因的Ka/Ks值大于1（GhCLE15/GrCLE16，GhCLE11/GaCLE5，GhCLE45/GrCLE20，GhCLE29/GrCLE14，GaCLE11/GrCLE14，GaCLE2/GrCLE4，GhCLE32/GrCLE1，GbCLE36/GrCLE24，GbCLE38/GhCLE34，GbCLE37/GrCLE1，GbCLE51/GhCLE48），暗示这些基因在进化中受到了较强的正选择作用。此外，陆地棉和海岛棉中检测到的6对旁系同源基因的Ka/Ks值均小于1。