《表2 草菇分别与3种物种集合的直系同源基因的分布》

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《比较分析草菇与其他真菌直系同源基因的关系》

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注：1：双孢蘑菇；2：木耳；3：金针菇；4：灵芝；5：香菇；6：糙皮侧耳；7：灰盖鬼伞；8：双色蜡蘑；9：黄孢原毛平革菌；10：褐腐菌；11：裂褶菌；12：构巢曲霉；13：黑曲霉；14：禾谷镰刀菌；15：灰色大角间座壳菌；16：粗糙脉孢菌；17：里氏木霉.*表示草菇与6种食用真菌（物

为了深入解析一对一型（one-to-one orthologous genes，Group1）、非一对一型直系同源基因（non one-to-one orthologous genes，Group2）及无直系同源基因（物种间无直系同源关系的基因，non orthologous genes，Group3）各自的功能类型及参与的代谢活动，将草菇全基因组基因分成以上3种类型进行统计和分析。表2结果显示Group1随着包含物种的增加，其数量减少。仅包括草菇与6个食用菌时，Group1中包含3 894个基因，即3 894个基因在草菇与6种食用菌中的一个或多个之间有一对一的直系同源基因，且其中有2 137个基因是在草菇与6种食用菌中的每一个之间均有一对一的直系同源基因。当物种增加到11个，即草菇与11种担子菌（包含6种食用菌）的集合时，其共享的一对一直系同源基因数量减少至3 336个（其中有1 568个是草菇与11种中每一种均存在一对一直系同源的基因）。而当物种进一步扩大到17种丝状真菌时（包含前面11种担子菌），Group1基因数量减少至2 616个，其中仅有923个基因是草菇与17种子囊菌中的每一种均存在一对一直系同源的基因。无直系同源基因Group3与Group1的趋势类似。而非一对一直系同源基因Group2则与Group1和Group2相反，考察物种越多，与其中任何一个种存在非一对一直系同源基因的数量也越多。虽然所考察物种的范围不同，其共有的Group数量不同，但相对全基因组11 535个基因而言，不同物种集合的Group仅差几百个（如草菇与17个子囊菌的Group1比草菇与6个食用菌的Group1相差558个）。