《表1 不同引物对扩增下样品内生真菌测序数据统计》
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《不同扩增引物对高通量测序分析盐角草内生真菌多样性的影响》
通过使用不同引物对样品中内生真菌ITS序列进行扩增和测序,3个引物对扩增总计测得原始序列条数为240 434条,过滤掉低质量的序列,去冗余处理后,质控序列数为217 308条,在97%相似度下将其聚类用于物种分类的OTU,总计获得122个,再去除宿主及外源动植物的OTU,总计获得盐角草(S.europaea)内生真菌OTU 102个,总有效序列数为72 537条,其中采用ITS1-1F引物对扩增的有效序列数最高,占87.0%,而采用ITS2引物对扩增的有效序列数最低,仅为1.6%,因此,采用ITS1-1F引物对可以较好地避免宿主和外源动植物的影响。各引物对扩增后测序信息结果见表1。
图表编号 | XD00124791700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.02.20 |
作者 | 张志东、朱静、唐琦勇、顾美英、楚敏 |
绘制单位 | 新疆农业科学院微生物应用研究所新疆特殊环境微生物实验室、新疆农业科学院微生物应用研究所新疆特殊环境微生物实验室、新疆农业科学院微生物应用研究所新疆特殊环境微生物实验室、新疆农业科学院微生物应用研究所新疆特殊环境微生物实验室、新疆农业科学院微生物应用研究所新疆特殊环境微生物实验室 |
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