《表1 当前种鉴定存在疑问的菌株与Bcc相关菌种基因组ANI值比较（%）》

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《洋葱伯克霍尔德菌复合群部分菌株基于基因组的物种水平重鉴定》

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T模式株基因组，R代表株基因组，C完整基因组；下划线为问题株与其当前鉴定种模式株或参考株的ANI值，黑体加粗为问题株与进化树上所在分支的菌种模式株或参考株的ANI值

为了进一步确认这5株菌的种属信息，我们计算比较了其各自与注释物种、本文进化树上分支所在菌种的参考株或代表株的ANI值，结果见表1。可以看到，菌株DDS 7H-2的当前鉴定菌种是B.cepacia，但是其在系统发生树上处于B.cenocepacia基因型ⅢA所在的进化分支，与B.cenocepacia模式株J2315基因组的ANI值为98.949%，远远大于其与当前鉴定菌种B.cepacia模式株ATCC25416的ANI值91.9433%，也显著大于细菌物种分界的ANI阈值95%[17]。结合ANI值比较和进化树分析，我们有足够理由认为菌株DDS 7H-2实际上是一株新洋葱伯克霍尔德菌（B.cenocepacia），且其基因型为ⅢA。同样的分析，我们可以纠正菌株FDAARGOS 496、LO6、DWS 37E-2、DDS22E-1的菌种鉴定，详细信息见表2。