《表1 编码默诺霉素基因簇链霉菌的基因组数据概况》

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《基因组挖掘默诺霉素生物合成基因簇的比较分析》

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S.ghanaensis、S.bambergiensis是工业生产默诺霉素的主要菌株（Lopatniuk et al.，2014），由Broad In stitute完成了S.ghanaensis染色体的拼接（现已收录于NCBI，Refseq:NZ ABYA0000000.1），依据其中发现的默诺霉素合成基因簇moe cluster1（Accession No:DQ988994）（图1），选择NCBI Blastn工具选择最高相似度序列（Highly similar sequence megablast）检索非冗余数据库（Database nucleotide collection nt/nr），在S.lincolnensis，和S.sp.SAT1两个菌种基因组中比对得到染色体上序列相似度均>50%，覆盖度≥78%的序列片段，可以初步确定这两株链霉菌包含了部分默诺霉素合成相关基因。S.bambergiensis和S.prasinus基因组间相似度高达98%以上。以亲缘关系较近，且以已完成染色体测序的S.ghanaensis基因组作为参照，使用Ragout软件（Kolmogorov et al.，2014）对S.bambergiensis，S.prasinus进行染色体序列的重排拼接，供后续基因组挖掘及比对分析。据文献报道S.clavuligerus存在非完整的默诺霉素合成基因簇（Song et al.，2010）。另有文献报道S.geysiriensis能够合成默诺霉素，但因该两株菌未完成测序而无基因组数据。故本研究以6株链霉菌作为默诺霉素基因组挖掘及比较基因组分析的材料（表1）。