《表1 利用高通量技术检测开放染色质位点的技术比较》

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《染色质可接近性在前列腺癌研究中的作用》

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随着第2代高通量测序技术的到来，BOYLE[21]等利用DNaseⅠ酶对染色质上已有的超敏感位点切割的特性，将其酶切后的染色质DNA片段进行测序文库构建，并进行二代测序，得到了人CD4+T细胞中数万个DNA酶I超敏感位点。基于DNase-seq技术可以识别不同类型的具有活性的基因调控元件[22]。FAIRE测序（FAIRE-seq）技术则是利用超声打断与高通量测序技术相结合的方式来鉴定的开放染色质区，其利用了开放的染色质区易于被超声打断的原理[23]。由于超声打断的技术要求和甲醛交联的条件不易明确等缺陷而没有被研究人员大量应用。ATAC测序（ATAC-seq）技术则是利用了Tn5转座子在开放的染色质区域的偏好插入的特性进行鉴定染色质的可接近性[24]。由于其对样本的需求量较低，且整个实验流程简单快速的优点而受到研究人员的青睐，而广泛应用[25-28]。随着人们对染色质可接近性探索的深入，研究人员发现ATAC-seq存在对较大的染色质可接近区的偏好选择的缺点，使得较小的染色质可接近区会被忽略。于是，SOS等[29]改进了ATAC-seq的实验流程，发明了THS-seq(transposome hypersensitive sites sequencing）使得对染色质可接近区的鉴定更加完整。表1对现有基于高通量测序手段鉴定染色质可接近区技术进行了归纳和总结。