《表1 新miRNA鉴定：高通量测序技术对早熟棉中miRNA的鉴定与分析》

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《高通量测序技术对早熟棉中miRNA的鉴定与分析》

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miRNA前体具有标志性发夹结构，可以用来预测新的miRNA。小RNA比对到参考基因组上，截取周围序列作为其前体序列，对其进行二级结构预测，根据预测结果结合Dicer酶切位点、能量值等特征信息鉴定新的miRNA。结果，在2个小RNA库中共得到67个新的miRNA（表1），丰富了棉花中miRNA数量。这些新的miRNA在5号和7号染色体上分布最多，均为8个，其次为1，8，9号染色体，均为7个（表1）。另外。将这些新的miRNA在miRbase数据库中与棉花及其他物种中的已知miR-NA序列进行比对，发现有54个新的miRNA属于35个已知的miRNA家族，13个miRNA属于新的miRNA家族。其中，ghr＿39、ghr＿47、ghr＿48、ghr＿49、ghr＿50、ghr＿51、ghr＿56、ghr＿60、ghr＿63和ghr＿6510个新的miRNA所属家族只在棉花中保守。这些家族的miRNA只在棉花中发现，在棉花生长发育过程中可能存在特殊的作用[22]。