《表3 辣椒成熟果色及其可能基因型》

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《辣椒果实主要品质性状遗传和代谢物组成研究进展》

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辣椒生理成熟果实常见的颜色有红色、黄色和橙色，另外还有棕色（brown）、紫色（purple）和橄榄绿（olive green）等（Lightbourn et al.，2008）。研究表明，3个独立遗传的基因位点Y，C1和C2（Hurtado-Hermamdez&Smith，1985）决定辣椒果实红色、黄色、橙色和白色等（表3）。棕色果实由cl基因决定（Borovsky&Paran，2008），紫色果实由A基因决定（Borovsky et al.，2004）。辣椒果实红色（Y）对黄色或橙色（y）为显性，由于红色果实主要含有辣椒红素和辣椒玉红素两种红色素，Y位点被认为是控制辣椒素和辣椒玉红素合成的基因位点。连锁分析发现辣椒红素和辣椒玉红素合成酶基因Ccs（capsanthin-capsorubin synthase）与Y共分离，从而认为Ccs为Y的编码基因（Lefebvre et al.，1998；Popovsky&Paran，2000）；八氢番茄红素合成酶基因Psy（phytoene synthase）与C2共分离，为C2候选基因（Thorup et al.，2000；Huh et al.，2001）。