《表2雷蒙德氏棉基因组Be t v1基因及其编码序列信息、理化性质》
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《棉属D基因组3个野生棉种Bet v1基因鉴定及功能分析》
通过HMMER搜索获得的候选氨基酸序列,剔除不含Bet v 1的冗余序列,最终获得59条序列。按其在染色体上的位置分布,依次命名为Bet v 1-1~Bet v 1-59。氨基酸序列理化性质分析结果(表2)表明:蛋白序列长度范围在66(Bet v1-18)~204个(Bet v 1-37)氨基酸残基(aa),主要集中在122~178 aa,占89.8%(53个)。蛋白质的总平均亲水性(GRAVY)值范围为-0.562(Bet v1-27)~0.333(Bet v 1-5),除Bet v 1-2、Bet v 1-5、Bet v 1-18、Bet v 1-23、Bet v 1-35和Bet v 1-46外,其余53个蛋白质的GRAVY值均为负数,表明多数家族成员为亲水性蛋白。蛋白质相对分子质量范围为7.064(Bet v 1-18)~23.221 kDa(Bet v 1-37),理论等电点范围为4.232(Bet v 1-5)~9.146(Bet v 1-37)。除基因Bet v 1-5和Bet v 1-18外,其他Bet v 1基因均含有内含子(表2、图1)。其中50个(84.7%)基因只含有1个内含子,6个(10.2%)基因含有2个内含子,内含子数目最多的基因为Bet v 1-8(3个)。蛋白质基序分析显示,Bet v 1蛋白质可分为3组(图2):第1组蛋白数量最多,基序包含motif 1、motif 2、motif 3、motif 4和motif 6;第2组包含motif 2、motif 5、motif 6、motif 7和motif 10;第3组则包括motif 6、motif 8和motif 9。结果表明,所有Bet v 1蛋白中较为保守的基序为motif 1、motif 2和motif 6(图2)。
图表编号 | XD0091863500 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.09.15 |
作者 | 董琪、Magwanga Richard Odongo、路普、蔡小彦、周忠丽、王省芬、王星星、许艳超、侯宇清、王艳情、王坤波、刘方、马峙英 |
绘制单位 | 河北农业大学农学院、教育部华北作物种质资源研究与利用重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、河北农业大学农学院、教育部华北作物种质资源研究与利用重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花研究所、棉花生物学国家重点实验室、中国农业科学院棉花 |
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