《表2雷蒙德氏棉基因组Be t v1基因及其编码序列信息、理化性质》

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《棉属D基因组3个野生棉种Bet v1基因鉴定及功能分析》

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通过HMMER搜索获得的候选氨基酸序列，剔除不含Bet v 1的冗余序列，最终获得59条序列。按其在染色体上的位置分布，依次命名为Bet v 1-1～Bet v 1-59。氨基酸序列理化性质分析结果（表2）表明:蛋白序列长度范围在66（Bet v1-18）～204个（Bet v 1-37）氨基酸残基（aa），主要集中在122～178 aa，占89.8%（53个）。蛋白质的总平均亲水性（GRAVY）值范围为-0.562（Bet v1-27）～0.333（Bet v 1-5），除Bet v 1-2、Bet v 1-5、Bet v 1-18、Bet v 1-23、Bet v 1-35和Bet v 1-46外，其余53个蛋白质的GRAVY值均为负数，表明多数家族成员为亲水性蛋白。蛋白质相对分子质量范围为7.064（Bet v 1-18）～23.221 kDa（Bet v 1-37），理论等电点范围为4.232（Bet v 1-5）～9.146（Bet v 1-37）。除基因Bet v 1-5和Bet v 1-18外，其他Bet v 1基因均含有内含子（表2、图1）。其中50个（84.7%）基因只含有1个内含子，6个（10.2%）基因含有2个内含子，内含子数目最多的基因为Bet v 1-8（3个）。蛋白质基序分析显示，Bet v 1蛋白质可分为3组（图2）:第1组蛋白数量最多，基序包含motif 1、motif 2、motif 3、motif 4和motif 6；第2组包含motif 2、motif 5、motif 6、motif 7和motif 10；第3组则包括motif 6、motif 8和motif 9。结果表明，所有Bet v 1蛋白中较为保守的基序为motif 1、motif 2和motif 6（图2）。