《表5 分子对接模型相关信息》

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《基于网络药理学的豨莶草治疗缺血性脑卒中作用机制研究》

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分别从PDB数据库中获得排名前五位的关键靶标所对应的蛋白复合物。采用DS 4.0中Clean Protein工具对蛋白质进行处理（包括去除水分子、补全残基、加氢、加力场等）；根据PDB晶体记录的原配体的空间位置定义活性口袋，并设置口袋半径。利用LibDock工具进行分子对接研究，docking preferences参数设为“high quality”，conformation method参数设为“BEST”，将原配体取出后重新对接到蛋白的活性口袋中，计算对接后的配体分子与原配体分子的均方根偏差（root-meansquare deviation，RMSD），若RMSD小于2，则说明LibDock能够较好的重现原配体与蛋白的结合模式，对接结果具有较高可靠性。分子对接模型的相关信息见表5，各分子对接模型与原配体的对接结果见图2。