《表3 SLAF标签和多态性SLAF标签在各染色体分布统计》

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《基于SLAF-seq技术分析甜、糯玉米种质遗传多样性》

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利用BWA软件定位SLAF标签到参考基因组上，通过生物信息学分析，本研究共获得803 058个SLAF标签，各材料的平均测序深度为9.66x。表3统计在玉米不同染色体上的SLAF标签和多态性SLAF标签的个数，结果获得373 764个多态性的SLAF标签。进一步分析，鉴定到1 135 763个SNP标记，每个样品的SNP标记数目在256 171～477 605个。这些SNP标记的平均完整度（即SNP所在位点在全部样品中的信息完整度）在22.55%～42.05%。在经过次要基因型频率（MAF）大于5%和完整度大于80%的选择标准去除后，共得到169 128个高一致性的有效SNP可用于群体遗传分析。从鉴定到的SNP可以看出，不同种质样品的SNP杂合率差异不大，范围在0.35%～10.19%，绝大多数在5%以下，表明各种质基因组纯合度很高（表4）。