《表1 MS2和MS3质谱扫描模式鉴定结果对比》

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《iTRAQ定量蛋白质组分析中多级质谱采集策略对比分析》

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将两种质谱参数MS2和MS3所获得质谱数据，利用MaxQuant搜索斑马鱼蛋白质数据库，基于i TRAQ标记试剂的报告离子峰强度，实现定量分析。结果显示，MS2方法与MS3相比，有更多的串联谱图有效匹配（PSMs）（见表1），提示MS2模式下鉴定到的谱图更多，这与预期一致，因为MS2模式下，更多的质谱时间用于采集不同的母离子串联谱图。MS3模式下，质谱有接近一半的扫描时间，用于三级质谱中采集i TRAQ报告离子的谱图，这些谱图仅仅用来提供更精确的定量信息，而不用于肽段的序列匹配，因此MS3下PSMs数量显著降低。通常PSM数量高，意味着更高的肽段和蛋白质鉴定量。实际情况也是如此，MS2比MS3多鉴定7 760条肽段（提高19.7%），但肽段提升导致的蛋白质数量提升不明显，MS2比MS3多鉴定蛋白质324种（提高4.7%）。该数据提示，MS2扫描中增加的大部分肽段，属于已经在MS3中已经鉴定到的蛋白质，在MS2模式下，每种蛋白质有更多的肽段被鉴定到，从而导致更高的肽段覆盖率。