《表3 E.durans C11基因组测序数据》

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《耐久肠球菌C11菌株的环境胁迫耐受性及其低温适应相关基因的基因组学鉴定》

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注:“-”:未知

运用Illumina Hiseq二代测序技术，本研究测定获得了E.durans C11的全基因组草图，共获得3 126 666条reads，序列全长为2 988 204 bp，GC含量为37.68%。序列装配得到111个Scaffolds，测序深度为151×。通过基因组序列分析，预测到2 986个基因，包括2 715个蛋白编码基因，77个RNA基因，194个假基因。E.durans C11基因组中比对到Pfam域、信号肽、跨膜螺旋结构的基因分别有2 278、137、713个。另外，鉴定到3个CRISPR重复序列，其中包含1个未知的CRISPR序列，位于scaffold 18的16 679～16 757 bp之间，长度为24 bp；2个已知的CRISPR序列，分别位于scaffold 30的3 942～4 175 bp和scaffold 53的16 419～16 618 bp之间，长度分别为24、36 bp，分别编码假设蛋白和复制蛋白（replication protein，RepA）。还鉴定到1个完整的原噬菌体基因簇，位于scaffold 3的580～16 832 bp之间，序列全长为16.2 kb，共编码25个蛋白，其中20个编码原噬菌体相关蛋白，5个编码假设蛋白（表3）。