《表1 18株耐久肠球菌及其基因组序列》

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《耐久肠球菌C11菌株的环境胁迫耐受性及其低温适应相关基因的基因组学鉴定》

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注:“-”未知。

截止到2018年12月20日，从美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）基因组数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome）中检索到17株E.durans菌株的基因组序列，其中3株菌为全基因组序列，14株菌为基因组草图，及E.durans C11共18株耐久肠球菌用于比较基因组分析（表1）。采用BLAST（basic local alignment search tool）软件比对分析菌株特异基因（阈值e-10）。采用CD-HIT[21]、Muscle软件[22]分析同源基因并对其进行多序列比对。采用PhyML软件[23]以邻接算法构建系统发育树，并且进行1 000次bootstrap校验，使用Evolview软件绘制系统发育树[24]。