《表1 所用数据库名称和微阵列芯片》

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《局部晚期直肠癌新辅助化放疗病理学缓解的预测基因分析》

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以“preoperative chemoradiotherapy”和“rectal cancer”或“neoadjuvant chemoradi otherapy”和“rectal cancer”作为检索词搜索GEO数据库，选择可获取基因微阵列表达值和肿瘤退缩分级的数据集，排除RNAseq、非编码RNA数据集和没有标示退缩等级的数据集。共有4个数据集符合入组标准，数据集名称和相关信息见表1。采用R软件包“annotate”将各微阵列探针ID号注释到基因符号。对于多个探针对应1个基因，取4分位距最大探针代表该基因表达值。以基因符号合并GSE35452、GSE46862、GSE68204 3个数据集共174个样本，其中79例达到TRG 3/4，缓解率为44.1%。利用“virtualArray”包函数“virtualArrayComBat”对合并数据集的批次效应进行校正[20]。δ统计量和主成分分析判断批次效应校正结果[21]。