《表2 序列比对：拟南芥子叶与真叶差异基因的生物信息分析》

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《拟南芥子叶与真叶差异基因的生物信息分析》

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注:cot:子叶；ftl:第一对真叶

对于高通量测序分析，如果选择了合适的参考基因组，并且实验过程中没有发生污染，那么序列比对的比对率应高于70%。我们使用Hisat、stringtie和ballgown的分析流程，将质控后的数据做序列比对，Hisat比对的结果显示，拟南芥整体比对情况很好，所有样本，比对到参考基因组上的Reads都在98%以上，比对到多个位置的序列小于10%，比对到唯一区域的序列超过90%（表2）。结果表明样品无污染，数据质量可靠，可用于接下来的下游分析。