《表3 质粒的主要特征:IncFII-FIA-FIB型多重耐药质粒pBTR-CTXM的结构基因组学分析》

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《IncFII-FIA-FIB型多重耐药质粒pBTR-CTXM的结构基因组学分析》


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注:pBTR-CTXM为本文测序质粒,pRSB107和pRSB225来自于GenBank.Note:pBTR-CTXM was fully sequenced in this work,while pRSB107 and pRSB225 were derived from GenBank.

pBTR-CTXM是全长144 939 bp的环状DNA分子,平均(G+C)mol%含量为51.85%,存在208个编码蛋白的开放阅读框(表3)。p BTR-CTXM含有3个复制子Rep FII、Rep FIA和Rep FIB,属于Inc FII-FIA-FIB型质粒。纳入分析的质粒共3个:第一个完整测序的Inc FII-FIA-FIB型质粒p RSB107[9](Gen Bank登录号为AJ851089);p BTR-CTXM(本文);与p BTR-CTXM覆盖度、核酸一致性最高(86%+99%)的质粒pRSB225(GenBank登录号JX127248)[29]。根据基因编码蛋白质的功能差异,这些质粒均可分为骨架区和外源插入区(图2)。每个质粒的外源插入区均包括一个MDR区、ugp操纵子、iucABCD-iutA基因簇和一些分散的插入序列等(表3)。