《表2 双歧杆菌属质粒基因组和Rep蛋白基本特征》

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《双歧杆菌属天然质粒系统分类》

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注：Rep＿1:pfam01446；Rep＿3:pfam01051；Rep A＿C:pfam04796；Rep*:pfam03090和pfam08708；Rep＿trans:pfam02486；Viral＿Rep:pfam02407；N：未编码已知Rep蛋白；#：本研究根据序列同源性推定的Rep蛋白

经检索和筛查分析，目前Nucleotide数据库收录双歧杆菌质粒DNA序列103个（包括Ref Seq数据库收录的38个双歧杆菌质粒DNA序列），其中41个质粒为完整基因组序列。统计分析发现，双歧杆菌41个完整质粒基因组总长387.77 kb，携带399个蛋白编码基因，大小范围为2.11-190.18 kb，平均GC含量为61.39%，大多数（27/41）质粒来自B.longum，大多数（60/70）物种尚未发现天然质粒（表2）。这些结果表明，双歧杆菌质粒普遍较小，大型质粒匮乏，平均GC含量接近染色体，质粒分布具有明显的物种依赖性，B.longum是双歧杆菌属中天然质粒多样性最丰富的物种。检索和BLAST分析发现，38个双歧杆菌质粒共编码42个Rep蛋白，其中35个质粒只含有1个Rep蛋白，3个复合质粒含有多个Rep蛋白；其余3个质粒没有编码已知的Rep蛋白；所有Rep蛋白根据氨基酸序列中的保守结构域可以初步划分为6个不同的蛋白家族，分别称为Rep＿1、Rep＿3、Rep A＿C、Rep*、Rep＿trans和Viral＿Rep （表2），这表明双歧杆菌大多数（38/41）质粒含有Rep蛋白，这些Rep蛋白序列具有一定的同源性和差异性，因此Rep蛋白可以为双歧杆菌质粒系统分类提供良好的分子标记和依据。