《表1 分子生物学物种鉴定所用样本及序列号列表》
从GenBank下载相应物种Cyt b基因全序列,同时下载与研究对象具有近缘关系的物种(小鼩鼱、西伯利亚麝鼩C.sibirica),以及麝鼩属(Crocidura)和鼩鼱属(Sorex)在东北亚地区分布的其它物种(日本鼩鼱S.shinto、本州鼩鼱S.hosonoi、小麝鼩)的Cyt b基因全序列(表1)。序列使用DNASTAR软件包的EditSeq进行序列编辑,再利用Clustal W软件进行序列聚类比对(Thompson et al.,1997)。以大缺齿鼹(Mogera robusta)(GenBank号:KC481337) 和麝鼹(Scaptochirus moschatus)(GenBank号:AB306502) 为外群,通过Paup4.0利用NJ方法构建系统进化树(Swofford,2002)。使用ABGD(automatic barcode gap discovery)软件基于遗传距离对样本进行划分(Puillandre et al.,2012),同一组的样本被认定为1个种。将待测样本基因序列的fasta文件在线提交到AB-GD网站(http://wwwabi.snv.jussieu.fr/public/abgd/abgdweb.html),种内差异先验值P(prior intraspecific divergence)为0.001~0.1,最小相对gap宽度值X(minimum relative gap width)为1.0。然后将样本划分结果与其形态鉴定结果进行比较。
图表编号 | XD0040886300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.01.01 |
作者 | 刘铸、张隽晟、白薇、刘欢、解瑞雪、杨茜、金志民 |
绘制单位 | 牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、牡丹江师范学院生命科学与技术学院、东北林业大学野生动物资源学院 |
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