《表2 小黑杨SSR序列信息》

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《小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析》

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由于小黑杨为青杨派与黑杨派的杂交种，因此具有较高的杂合度。这有可能导致在基因组组装的过程中，有的姐妹染色单体不能合并，造成组装结果偏大，序列可能存在冗余。同时，长度较短的contig可能是重复区域，且在引物设计上存在困难。因此，在进行SSR识别之前，最好先进行序列过滤，对非冗余的序列进行分析。利用cd-hit对长度不小于2 000 bp的contigs合并，得到21 788条非冗余contig，再利用MISA进行识别分析。结果显示，在10 969条含有SSR的contig中，共识别得到18 111条SSR。其中SSR数量较多的基序类型是一、二、三核苷酸重复，数量分别是13 207，2 960，1 644，依次占总SSR数目的72.92%，16.34%，9.08%。而五、六核苷酸重复类型所占比例较少，仅有53条和44条，分别占SSR总数的0.29%和0.24%（表2）。