《Table 6 RMSDs of geometric structure between force fields and M06-2X/6-311++G**method》

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《鸟嘌呤与氨基酸残基体系的极化力场》

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在经OPLS/AA和AMBER OL15优化后的模型分子结构中，可发现有部分氢键复合物中氨基酸的位置发生了明显改变，具体变化情况示于图6，原有氢键被破坏，氨基酸侧链与碱基作用位置改变，形成T型结构，甚至AMBER OL15力场下G1Cys已不属于氢键复合物，因此FFF无法完全模拟体系间氢键作用.无论是氢键键长还是氢键键角，ABEEMσπPFF均得到了与M06-2X/6-311++G**较一致的结果.供体原子X与受体原子Y间的氢键键长和供体原子H与受体原子Y间的氢键键长的RMSD均为0.0094 nm，约占QM下各自类型氢键平均氢键键长（0.29和0.20nm）的3.2%和4.7%；氢键键角的RMSD为4.8°，约占QM下平均氢键键角（152.2°）的3.1%，所有氢键结构偏差均在允许范围内.ABEEMσπPFF下具体每个结构的氢键键长和氢键键角与QM的RMSD值列于表S3（见本文支持信息）.