《表6 不同算法在不同网络上的运行时间》

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《一种拓扑与生物功能一致的多网络比对算法》

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在真实网络中，Con Align在生物指标MNE上的表现未达到最佳，可能的原因有两点:一是，Con Align为了防止假阳性，采用网络整体拓扑相似性作为网络的相似性，并没有融入序列相似性．虽然，在计算网络间整体相似性时牺牲了序列相似性，但是，运行速度得到了提升，如表6所示，Con Align在合成网络和真实网络上运行的时间比其它三个算法都短，而BEAM S的运行时间是最长的．二是，目前的蛋白质的功能注释可能不完善，因此，很难完全可靠评估预测比对的生物性能．