《表2 系统发育分析所使用序列信息》

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《中国东北鹿亚科动物亚化石的古DNA分子鉴定及系统发育分析》

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利用Bioedit 7.0.9.0 （Hall，1999）对测得的序列进行排列对比并辅以人工校对，以所得两个样品的古DNA序列与36个鹿亚科动物和一个外类群驼鹿（Alces alces）的同源序列（15109 bp，不包含D-loop区）在CIPRES网站（http://www.phylo.org）使用Partition Finder2（Cognato and Vogler，2001）和RAx ML V8.0 （Alexandros，2014）通过500次自举检验估计节点构建系统发育树，碱基替换模型（model for substitution）选择GTRCAT。系统发育树的展示输出通过Figtree v1.4.2 （Rambaut，2009）完成。分析中所用序列信息见表2，序列选取兼顾鹿亚科在中国分布的4属9种。同时，与样品聚类较近的中国马鹿5亚种和梅花鹿选取了当前Gen Bank中所收录的所有高质量序列。