《表3 Unigene000694氨基酸序列NCBI-blastp部分结果》

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《光照处理对‘大同黄花’开花节律及光周期关键基因HcCOL14表达特性的影响》

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由上述结果可知Unigene0000694基因在2组样品间差异倍数最大，且序列结构较完整。本研究根据转录组中COL14基因的参考序列，在UTR区设计特异性扩增引物c CO-F和c CO-R，以黄花菜开花后2 h（20:00）样品的c DNA为模板，进行PCR扩增。扩增产物经1.5%TAE琼脂糖凝胶电泳分离，见图3。克隆得到COL14基因的c DNA全长共计1 588bp，利用NCBI-ORF Finder分析CO基因编码区，其片段长1 422 bp，编码473个氨基酸。由NCBI-CD Search预测其保守结构域可知，在蛋白序列的N端有1个Bbox1＿BBX-like保守结构域，位于氨基酸序列的17～60位点，在60～85位点也存在1个B＿box＿SF super family，且C端具有1个CCT结构域，位于序列的422～464位点，该蛋白具有典型CONSTANS蛋白的保守结构。经过NCBI-blastp进行序列比对（表3），Unigene0000694与Ao COL-14（XP＿020261158.1）、Ao COL-14（XP＿020248360.1）、E g C O L-1 4 （X P＿0 1 0 9 0 7 0 7 8.1）、P d C O L-13（XP＿008801132.1）编码的蛋白同源性比较高，拥有相同保守域，同时将Unigene0000694的氨基酸序列与拟南芥的17个CO-like蛋白进行进化分析，图4显示Unigene0000694与At CO14和At CO15聚为1支属于GroupШ，将本基因命名为Hc COL14基因，与转录组注释结果一致。